Exercice avec Foldit

Cette séance est destinée a expérimenter la structure et dynamique des biomolécules de manière intuitive.
Dans ce but nous utilisons le jeu de découverte scientifique Folditß. Pour en connaitre plus sur ce logiciel vous pouvez lire un article sur Foldit écrit par trois étudiants de la licence FDV de Paris 5, ou regarder ce TED-talk de Z Popovitc (en anglais).

Exercice n°2 :

Après avoir téléchargé et installé Folditß : répondez aux questions suivantes :

  1. Pourquoi est-il intéressant d’étudier la structure des protéines?
  2. Pourquoi la modéliser alors qu’il existe des méthode expérimentale pour la déterminer ?
  3. Que représente le score ? i.e. que signifient les points ?
  4. Quelles sont les forces moléculaires à l’œuvre ?
  5. Pourquoi regrouper les résidus hydrophobes? Est-ce identique pour une protéine membranaire ?
  6. Quelle partie d’un acide aminé est impliqué dans la formation des brins ß et des hélices alpha ?
  7. Quelle fonction mathématique pourrait représenter les interactions de Van-der-Waals ? liaisons hydrogène ? liaisons covalentes ?  La répulsion stérique ?
  8. Pensez vous avoir expérimenté ces interactions dans le jeu ? Dans quel exercice du tutoriel ?

Les consignes pour l’évaluation sont données dans cette vidéo :

On utilisera la grille suivante :

Grille d'évaluation par les pairs

Pour aller plus loin: Folditß utilise la mécanique moléculaire pour représenter l’interaction entre les atomes (voir les modules uniciel sur la dynamique moléculaire et la modélisation moléculaire).

Cette session s’inspire partiellement de cet article.

Foldit exercise from Antoine Taly is proposed under the term of the licence Creative Commons Attribution – Share in same Conditions 3.0 France.