TP de chimie

 

I. Observations des orbitales atomiques

 

II. Comportement des molecules

 

 

 

III. Visualisation des molecules

Téléchargez les fichiers contenants les structures des molecules: structures

Avec le logiciel Chimera:

  1. Ouvrez le fichiers des molecules de H2O, CH4, NH3 (water.pdb, methane.pdb, nh3.pdb, NaCl_salt.pdb). Essayez différentes representations pour les atomes. Mesuré les distances et les angles entre atomes.
  2. Ouvrez le fichier peptide_short.pdb. Determiner de quel type de molecule s’agit et sa sequence. Quelle est la taille de cette molecule?
  3. Ouvrez le fichier peptide_long.pdb. Determiner de quel type de molecule s’agit et sa sequence. Repérez la molecule précédente dans cette structure. Visualisez la structure secondaire et le liaisons hydrogène.
  4. Ouvrez la protéine en entier 2EQT.pdb. Repérez la molecule précédente dans cette structure. Quelle est la sequence de cette molecule? Visualizes sa surface et la distribution de charges électrostatiques.
  5. Ouvrez une molecule d’ADN en double hélice 1bna.pdb. Est-ce que les sequences de deux brins sont bien complémentaires?
    Visualizes les liaisons hydrogènes. Combien de liens sont formé par une paire de bases G-C? et A-T?
  6. Ouvrez maintenant des structures d’ARN en simple brin et obsérvez leur compléxité: 3ubi.pdb, 6tna.pdb, 1y25.pdb.